Ninja Blade™ is een actie-avonturengame die zich afspeelt in het hedendaagse Tokio. Plotseling is een nieuwe soort parasieten opgedoken, ook wel alpha-worms genoemd, die dood en verderf zaaien onder de mensen en zich in razendsnel tempo verspreiden naar het oosten, waar ze al snel de kusten van Tokio bereiken. De toekomst van de mensheid hangt aan een zijden draadje en er wordt een exclusief elitekorps in het leven geroepen dat met zijn speciale vaardigheden de vijandelijke aanvallen moet weerstaan en uiteindelijk de mensheid moet redden van de totale ondergang.